ด้วยความสำเร็จที่ยิ่งใหญ่ของรุ่น 1999 โตโยต้าตัดสินใจว่าถึงเวลาที่จะออกแบบ Yaris ใหม่ รุ่นที่รีเฟรชเปิดตัวในปี 2003 การออกแบบใหม่นั้นมีวัตถุประสงค์เพื่อสร้างรถที่ดูดีขึ้นในขณะที่ยังคงรักษา Yaris ดั้งเดิมไว้บ้าง กันชนหน้าพร้อมกับกระจังหน้าหม้อน้ำและไฟหน้าจะสดชื่นเพื่อให้มองดูสปอร์ต ที่ด้านหลังกันชนได้รับการพักผ่อน คอลเลกชันสีใหม่มีให้สำหรับ Facelift Yari และโดดเด่นด้วยการทาสีสีโลหะและคุณสมบัติอื่น ๆ เช่นหลอดไฟตัดหมอกด้านหน้าท่อไอเสียโครเมี่ยมล้ออัลลอยด์และกระจกมองข้างจับคู่สีและกันชน ผู้ใช้สามารถเลือกจาก Twilight Blue, Carlo Blue, Thunder Grey, Eclipse Black and Crystal Silver เท่านั้นสำหรับเครื่องยนต์เบนซิน VVT-I 1.3 ลิตรเท่านั้น เครื่องยนต์ดังกล่าวข้างต้นได้รับการแต่งงานด้วยเกียร์ธรรมดา 5 สปีด โครงสร้างร่างกายได้รับการแก้ไขเพื่อปรับปรุงความปลอดภัยพร้อมกับคุณภาพการขับขี่และพลวัตของรถยนต์ ระดับ NVH (เสียงรบกวนการสั่นสะเทือนความรุนแรง) ลดลงและ Yaris รู้สึกเหมือนรถยนต์ขนาดใหญ่มากขึ้น การตกแต่งภายในของ Yaris นั้นกว้างขวางสำหรับรถขนาดเล็กเช่นทั้งด้านหน้าและผู้โดยสารด้านหลังที่เป็นประโยชน์ต่อความสะดวกสบายที่ยิ่งใหญ่ ด้วยขนาดลำตัวที่เหมาะสมสำหรับรถยนต์ในชั้นเรียน Yaris ยังมีที่นั่งด้านหลังแบบพับเก็บได้ (มีการกำหนดค่า 60:40) เพื่อขยายพื้นที่โหลดหากจำเป็น